A CSS tinha sido instituída pelo substitutivo da Câmara dos Deputados e incluía a alíquota para que ela fosse aplicada. Mas, após articulação da oposição entre os deputados, a base de cálculo da contribuição deixou de ser criada, impedindo que a CSS pudesse ser aplicada. Mesmo assim, no Senado, tudo que se referia à nova contribuição foi retirado do projeto aprovado.
Outra mudança feita pelo Senado é com relação ao uso do Fundo de Valorização dos Profissionais de Educação (Fundeb) para investimento em saúde. O substitutivo previa a proibição de que estados e municípios utilizassem recursos do fundo para esse fim durante cinco anos. Mas, com orientação do relator, os senadores aprovaram o destaque para suprimir o trecho, permitindo que os governadores e prefeitos possam usar os recursos.
De acordo com o texto do projeto, o governo federal fica obrigado a investir na saúde anualmente o mesmo que aplicou no ano anterior mais o percentual de variação do Produto Interno Bruto. Isso significa que, se este ano o PIB for de 3,2% como prevê o governo, no próximo ano a União será obrigada a investir 3,2% a mais em saúde do que em 2011. Já os estados e municípios ficam obrigados a investir entre 12% e 15% das suas arrecadações com impostos respectivamente.
A oposição tentou aprovar um destaque para que o trecho que trata do cálculo para investimento da União fosse suprimido. Com isso, o texto retornaria à proposta original do então senador Tião Viana (PT-AC), obrigando a União a aplicar 10% das suas receitas na saúde. Mas a proposta foi rejeitada pela maioria do plenário.
A Emenda Constitucional 29 foi promulgada em 2007 e trata da obrigação de cada ente federado investir em saúde. A emenda, no entanto, dependia de regulamentação para ser aplicada de fato. O projeto aprovado hoje, que especifica os percentuais que a União, os estados e municípios devem aplicar no setor, regulamenta a emenda. Ele ainda precisa ser sancionado pela presidenta Dilma Rousseff.
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